清代鳳山縣城有新舊兩城，鳳儀書院的興建係因林爽文事件造成設於興隆莊(現左營)的舊城殘破，其中的屏山書院也毀於戰火，因此於嘉慶19年(1814)於新城(現鳳山)內設置鳳儀書院。

　鳳儀書院的興建始於知縣吳性誠的倡議，當地仕紳團體奮社的捐資，由候選訓導歲貢生張廷欽負責實際興建。鳳儀書院除教學功能外，尚有文昌祠、敬字亭、試場、義倉、曹公祠、五子祠、義學等多功能，並曾做為調解訟案與「修志采訪局」的所在地，甚至於咸豐3年(1853)的林恭起事中作為「軍機房」。光緒十七年(1891)舉人盧德祥重修，是唯一文獻記載的重修紀錄。

　日治時期先後做為日本陸軍台南衛戍病院鳳山分院、養蠶所及鳳山郡役所宿舍。二次大戰後，產權歸屬教育部學產基金，將土地出租，住戶居住其中並加蓋建物及設施居住使用。民國74年(1985)內政部指定鳳儀書院為古蹟。文化局於民國94年(2005)取得土地管理權後，以三年時間陸續完成書院租佔戶搬遷及增建物拆除，並於民國98年( 2009)進行書院整體修復工程，至民國102年(2013)完工。

　鳳儀書院修復後，除呈現原有古蹟風貌外，還具有現代化使用機能。再利用方面則以書院原有功能為主體，配合書院氛圍策畫，包括書院運作、科舉介紹、鳳山歷史與鳳儀書院歷史等展示，以活化此一台灣現存書院中，年代最早且規模完整與最大之書院。